Gutshaus Markendorf, Ansicht zwischen 1857 und 1883
Die Ortslage Markendorf geht auf die alte sorbische Deichansiedlungen namens „Słubia“ zurück und lässt in ihrer Deutung auf ein gleichnamiges Fließ Slûbe oder Slubníca (altsorbisch auch bezeichnet für „Schlaube“) schließen.
Erstmals erwähnt wurde Markendorf in alten polnischen Urkunden als Margrabiow, Lehnträger war margrabia Ludwig Rzymski, Markgraf der Mark Brandenburg Ludwig „der Römer“. Im Zehntregister des Bistums Lebus von 1400 wird Markendorf mit 64 Hufen erwähnt. Auf den Pfarrer entfielen davon 4.
Die häufigen Besitzwechsel werden in den Urkunden bezeugt, sie geben dem Ort auch verschiedene Namen: 1412 war von dem Dorfe Markgreuendorf die Rede, dann Markgrewendorf, 1452 Marggraffendorf, 1474 Marggrauendorf,1497 Marggrauendorp, im gleichen Jahr sogar Mariendorf. Erst 1538 findet sich die Schreibweise Markendorf, mitunter auch Marckendorff.
Über längere Zeiträume besaß die Familie von Burgsdorff Anteile des Dorfes. Diese verkaufte 1597 die Windmühle vor Markendorf an die von Röbels von Rosengarten. Der Käufer wurde verpflichtet, die Mühle bis zum Johannis 1598 nach Lichtenberg zu versetzen. Ihre Reste wurden dort 1906 zum Bau eines Bismarckturmes verwendet. 1598 war die Kirche in Hohenwalde eine Filialkirche mit zwei Hufen.
1622 stiftete Jacob von Burgsdorff der Dorfkirche eine Glocke, die 1632 in der Frankfurter Unterkirche eingelagert werden musste, da das Dorf im Dreißigjährigen Krieg zerstört wurde.
Das Dorf entwickelt sich und Ende des 17. Jahrhunderts wird ein massives Gutshaus erbaut. Im 18. Jahrhundert hat es nicht nur schöne Gartenanlagen, sondern später auch ein Gewächshaus mit einer Ananastreiberei. Die zugehörigen Wirtschaftsgebäude sind in massiver Bauweise, aber auch aus Fachwerk errichtet.
Am 11. April 1957 wird die letzte Mauer einer Gutsscheune abgerissen, um Wohnhäusern Platz zu machen
Im Frühjahr 1945 wurde der Ort durch die Kampfhandlungen des Zweiten Weltkrieges schwer zerstört.
Mit der Bodenreform 1946 werden die von Burgsdorff enteignet, das Land an Neubauern verteilt. In den ersten Nachkriegsjahren entstanden Siedlungshäuser aus dem Ruinenmaterial des Ortes. Es erfolgte 1947 die Eingemeindung in die Stadt Frankfurt (Oder). 1952 wurde die 1. Frankfurter LPG gegründet. Das Volkseigene Gut Obstproduktion wird in den Folgejahren ortsprägend durch seine Obstplantagen.
In der Deutschen Demokratischen Republik wird Markendorf insbesondere durch das Kombinat VEB Halbleiterwerk bekannt.
Von 1958 bis 1977 wurde in einzelnen Bauabschnitte das Werk und die dazugehörigen Betriebswohnungen an der Wildbahn errichtet. Im Jahre 1978 arbeiteten 5400 Menschen im Werk, viele aus dem angrenzenden Polen. Das Werk wird im gleichen Jahr an den VEB Kombinat Mikroelektronik Erfurt angegliedert.
1983 wurden Gebäude des neuen Bezirkskrankenhauses eingeweiht. Um den Beschäftigten des Halbleiterwerkes aus der Umgebung den Weg zur Arbeit zu erleichtern, wird 1988 die Straßenbahnlinie bis Markendorf erweitert.
Mit der Wende erfolgt die Abwicklung dieser Unternehmen durch die Treuhandanstalt. Das Halbleiterwerk hatte zu diesem Zeitpunkt über 8000 Beschäftigte. Die neu entstandene Halbleiter Elektronik GmbH hat 1992 622 Mitarbeiter. Mit einer Beschäftigungs- und Qualifizierungsgesellschaft (BQG) versuchte man ab 1993, über Qualifizierung die Fachkräfte der Mikroelektronik wieder in Arbeit zu bringen. Nachfolger des Halbleiterwerkes waren die SiMI Silicium Microelectronic Integration GmbH, die Megaxess GmbH Deutschland, die MSF Microtechnology Services Frankfurt (Oder) GmbH und die Chipfabrik Frankfurt (Oder). Inzwischen haben sich über 80 klein- und mittelständische Betriebe auf dem ehemaligen Werksgelände angesiedelt.
Die Obstplantagen wurden gerodet und nur teilweise durch neue ersetzt. 30.000 Quadratmeter der ehemaligen Obstanbaufläche werden zum Sondergebiet und im Flächennutzungsplan als Gewerbegebiet ausgewiesen. Die Freiwillige Feuerwehr des Dorfes wurde aufgelöst.
Ab den 1990er Jahren entstanden neue Eigenheimsiedlungen, das Krankenhaus erhielt einen Hubschrauberlandeplatz und wurde zum Klinikum Frankfurt (Oder) , einem akademischen Lehrkrankenhaus der Charité-Universitätsmedizin Berlin, Tochterunternehmen des Rhön-Klinikum. Die Unfallkasse Brandenburg und Feuerwehr-Unfallkasse Brandenburg haben ihren Sitz ebenfalls im Ort.